PlantSysGen Figures

These are figures used in Brian Yandell’s PlantSysGen talk. See https://github.com/byandell/PlantSysGen.

Brassica napus (data/osborn) example

• Bnapus_1qtl.jpg
• Bnapus_4_2.jpg
• Bnapus_8_2.jpg
• Bnapus_addqtl.jpg
• Bnapus_anova.jpg
• Bnapus_covar.jpg
• Bnapus_genotype.jpg
• Bnapus_genotype4.jpg
• Bnapus_linkage.jpg
• Bnapus_lod.jpg
• Bnapus_lod2.jpg
• Bnapus_lodint.jpg
• Bnapus_map.jpg
• Bnapus_perm.jpg
• Bnapus_pheno.jpg
• Bnapus_pheno_covar.jpg

• Bnapus_pleiotropyl.jpg

• F3.osborn.gif

Moore/Spalding Arabidopsis

• genetics.113.153346.gif
• SpaldingHardware.jpeg

Recla DO mice

• DO_allele.jpg
• DO_allele_blup.jpg
• DO_lod_kinship.jpg
• DO_lod_kinship2.jpg
• DO_SNP.jpg
• DO_SNP_pattern.jpg

• DO_SNP_pattern_best.jpg

• recla2014.jpeg

Broman Jackson lab talks (broman)

• backcross_bw.jpg _ covar_bw.jpg
• epistasis_bc_bw.jpg
• epistasis_f2_bw.jpg
• genoprob1_bw.jpg
• genoprob2_bw.jpg
• genoprob3_bw.jpg
• genoprob4_bw.jpg
• genoprob5_bw.jpg
• genoprob6_bw.jpg
• intercross_bw.jpg
• loddist_bw.jpg
• lodsuppint_bw.jpg
• mixtures_bw.jpg
• perm_hist_bw.jpg
• permtest_bw.jpg
• pleiotropy_network_bw.jpg
• selbias_bw.jpg

• structure_bw.jpg

• em_alg_illustration.png
• interactive_lod_curve.png
• interactive_perm_test.png
• rigenome_fig2_lg.png

• Screen Shot_iplotMScanone.png

Eleazar Eskin

• eskin-population-structure-draft.jpg
• Eskin_indirect.png

Jeff Endelman

• MAS_Endelman.png

Yandell Broman stuff (broman)

Adapted directly from Broman.

• addcovar.jpg
• causal_network_bw.jpg
• DH_bw.jpg
• intcovar.jpg
• permcovar_bw.jpg
• y_over_x.jpg

Yandell miscellaneous (data/misc)

• mixchr.jpg
• phe_gwa.jpg
• phe_gxe.jpg
• phe_qtl.jpg
• phe_qtl_gwa.jpg

• phe_qxe.jpg

• nfat_causal_arch.png
• nfat_plosgen.jpg
• pareto.jpg
• sysgen_big_pic.png
• team_research_aims.png

• tools_workflow.png

• causal models

Internet finds

• ccmice.png
• DO_laura_vanderploeg.jpg
• NIILpanel_Univ-of-Illinois-Chicago_w.jpeg
• meddic.jp.png
• nrg2048-f1.jpg
• nrg2291-f4.jpeg
• pedigree-versus-marker-assisted-breeding.gif
• physiolgenomics.jpg
• plantcellbio.gif
• Thai_pavilion_roof_paint01.jpg